補足ありがとうございます。
＜と＞が変換されてしまっていたので、私にわかる範囲で＆lt;と＆gt;に書き直してみたのですが、もし間違いがあればご指摘ください。

nl2brモディファイアに、xhtml用の値があるのを忘れてました（´Д｀；
正確な出力を期待するなら、こちらを指定した方がいいですね。

<mt:CF_HogeHoge convert_breaks=”0″ nl2br=”1″>
ですと、<br>で改行が挿入されます。

xhtml仕様の場合、
<mt:CF_HogeHoge convert_breaks=”0″ nl2br=”xhtml”>
にすると、<br />で改行が挿入されます。